所謂“基源問題研究法”，是以邏輯意義的理論還原為始點，而以史學考證工作為助力，以統攝個別哲學活動於一定設準之下為歸宿。這種方法的操作程序大致如下：
第一步，我們著手整理哲學理論的時候，我們首先有一個基本了解，就是一切個人或學派的思想理論，根本上必是對某一問題的答覆或解答。我們如果找到了這個問題，我們即可以掌握這一部分理論的總脈絡。反過來說，這個理論的一切內容實際上皆是以這個問題為根源。理論上一步步的工作，不過是對那個問題提供解答的過程。這樣，我們就稱這個問題為基源問題。
每一家理論學說，皆有其基源問題；就全部哲學史說，則基源問題有其演變歷程；這種演變的歷程，即決定哲學問題在哲學史中的發展階段。
基源問題雖是每一學說的根源，但有很多學人每每並不明顯地說出來。因此，我們自己常需要做一番工作，以發現此一學說的基源問題是什麼。這裡就需要邏輯意義的理論還原的工作了。
所謂理論還原的工作，就是從許多論證中逐步反溯其根本意向所在。根本意向發現了，配合一定材料，我們即可以明白基源問題應如何表述。
表述基源問題時，要使這個問題的解答，確能邏輯地涉及所提出的理論。因為，寫哲學史時，這些哲學理論都是現成的，所以從這種材料中去找那個基源問題，就是反溯的，也就是所謂“理論的還原”的真實意義所在了。
掌握基源問題，雖以解析工作為主，但也要涉及考證問題。因為這時所據的材料，都是客觀的，所以理論還原工作，並不致妨害材料的真實性。材料如有舛誤，那不關理論還原的事，而是材料本身的問題。由此考訂材料甚至搜集材料的工作，就成為掌握基源問題時所必須做的工作。這種工作實際上類似“發生研究法”，不過，它不會有“發生研究法”的弊害，因為，如此弄好的材料，終竟要通過理論的鑄造，而繫歸於一定的基源問題之下。那是不會成為零星片段的。
基源問題找著了，就有下一步工作。
第二步，掌握了基源問題，我們就可以將所關的理論重新作一個展示，在這個展示過程中，步步都是由基源問題的要求衍生的探索。因此，一個基源問題引出許多次級的問題；每一問題皆有一解答，即形成理論的一部分。最後一層層的理論組成一整體，這就完成了個別理論的展示工作。這種工作分別地做若干次，我們即可將哲學史中各家各派的理論展示出來。這時，我們已經能夠滿足“真實性”與“繫統性”的要求，剩下的就是全面判斷的問題。
發現基源問題，與由基源問題展示一理論的全像，這都是不需要任何特殊識見的工作。這隻是敘述性質、介紹性質的工作。但要作全面性的判斷，則情形就大不相同了。這一點即涉及第三步工作。
第三步，我們將各時代的基源問題，排列起來，原即可以發現整個哲學史上的理論趨勢，但這仍不足以提供一種作全面判斷的理論根據。要作全面的判斷，對哲學思想的進程及趨向作一種估價，則我們必須另有一套設準。
通常做哲學史工作的人，每每諱言自己有自己的觀點；其實，除非不下全面的判斷，否則，必有一定的觀點作根據。這種觀點當然可能不為人所接受，但那是不重要的。因為，一切理論本都可以有人反對。問題隻在於我們能否自覺地將自己的論據表述出來。我所以將這種觀點稱為“設準”，目的即在於避免獨斷氣息。但我們又必須明白，我們雖不願獨斷，卻仍不能不有一組理論的設準，否則我們自己即根本沒有提出什麼理論來。
或許有人以為，從事哲學史的研究，不需要提出什麼理論；其實這是忽略了哲學史工作所要求的統一性。每一哲學史工作者，必須表述他的某種統一性的觀點，通過它來解釋全部哲學史；不然，則他隻算是寫了一本“彙編”式的東西，而並非一本哲學史。
設準的提出，表示作者自己的識見與哲學智慧；作者能接觸哪些問題，不能接觸哪些問題，都可以由此看出來。一個優良的哲學史工作者，必須能接觸到已往學派所面對的問題。他倘若真能如此，則他所立的設準，就應該足以統攝已往的理論要求。當然這並非一件容易的事，但它是一切哲學史工作者所應該努力的目標。
基源問題研究法，最後必與一套設準配合。這一套設準雖不與基源問題研究有什麼直接關繫，但它是以作者的哲學了解為根據的。基源問題的研究，對作者在哲學方面的了解的增進，無疑有一定的助力。因此，我們仍可以說，如果一個哲學史工作者，真能運用基源問題研究法來整理各家學說，則最後他提出設準的時候，也決不致像用解析法的研究者那樣空疏了。
