經過收集整理、消化吸收、合理取舍、集思廣益的過程，《老科學家學術成長資料采集工程叢書：論文寫在大地上·徐錦堂傳》基本以時間脈絡為主線，以黃連天麻研究為中心，分為十個章節：
第一章童年（1929-1937）——記述了徐錦堂出生的家庭背景：精明的父親因度量衡改制，由貧致富，愛子如命的母親和善良的姐姐。
第二章烽火中成長（1937-1948）——記述了徐錦堂青少年時期因日寇侵華，家業敗落，顛沛流離，父親、二姐病故。抗戰勝利後，他舉債讀書卻無奈輟學。
第三章解放（1949-1958）——解放後徐錦堂煥發了青春活力，上中專、當老師、喜結良緣、最終圓了幾代人夢寐以求的大學夢。
第四章八年蹲點（1958-1966）——總結了徐錦堂面對幾百年毀林搭棚的傳統栽連方式，大膽改革，歷經艱難困苦，終於實現生態栽連的“徐錦堂模式”。
第五章自立課題（1958-1966）——記述了徐錦堂的天麻研究從自掏腰包起步，到實現天麻野生變家栽首次成功的經歷。
第六章蹉跎歲月（1960-1985）——記述了徐錦堂在時代的大潮中，順應時代變遷，處逆境絕不消沉，對未來樂觀豁達，始終走在時代的前頭。
第七章移師漢中（1972-1975）——記述了徐錦堂重啟天麻研究並在漢中建立“試驗基地”，研究成功天麻無性繁殖固定菌床法，並大力推廣規範化的栽培方法。
第八章探尋天麻生長的秘密（1975-1988）——天麻研究進入關鍵時期，他發現天麻多代無性繁殖種麻退化，但是不被世人理解，落入“四面楚歌”境地。他證實了蜜環菌明顯抑制天麻種子萌發，進一步試驗證明是蜜環菌的代謝產物抑制天麻種子發芽，否定了天麻一生都離不開蜜環菌的傳統觀點，發現真正使種子發芽的是萌發菌（小菇屬真菌），並且成功完成天麻種子萌發菌的分離、篩選、鋻定，揭開了天麻生活史的全部奧秘。
第九章紅霞滿天（1993-2008）——主要記述徐錦堂晚年的重要成果。還記述了陝西湖北農民，自發集資為他們心中的“天麻之父”、“黃連之聖”塑像的紀實。由農民自發集資、為活著的科學家塑像目前尚無先例。
第十章論文寫在大地上——本章節主要記述徐錦堂的黃連天麻研究產生的巨大經濟效益和廣泛持續的生態效益，以及幾十年來徐錦堂取得的科研成果與著作論文。
