●  第一章 急診及危重癥
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●第二章 感染性疾病
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●第三章 呼吸繫統疾病
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●第四章 消化繫統疾病
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●第五章 心血管繫統疾病
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●第六章 血液繫統疾病
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●第七章 內分泌和代謝性疾病
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●第八章 神經繫統疾病
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●第九章 精神障礙
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●第十章 風濕免疫性疾病
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●部分目錄

國家基本藥物政策是新醫改重要方案中的重要政策，《國家基本藥物處方集》和《臨床應用指南》是國家基本藥物政策的重要配套出版物，在藥品使用、生產和銷售等環節均將起到非常重要的作用。2012年衛生部藥政司對於國家基本藥物目錄作了較大幅度以修訂工作，根據新版目錄，國家基本藥物臨床應用指南和處方集編委會主編的《國家基本藥物臨床應用指南》詳盡介紹了目前基層醫療機構和二級以上醫院日常診療工作中的常見病和多發病，每類疾病都從概述、診斷要點、藥物治療與注意事項四部分內容作以闡述。在疾病診斷明確的前提下，講解具有處方權的醫生如何使用基本藥物，規範醫生的用藥行為，對於臨床實踐具有重要的指導意義。