●火部第五卷
火部29種
陽火、陰火《本草綱目》
燧火《本草綱目》
桑柴火《本草綱目》
炭火《本草綱目》
煤火《醫林纂要探源》
艾火《本草綱目》
蘆竹火《本草綱目》
籐火、匏火《本草綱目拾遺》
荷梗火《本草綱目拾遺》
稻麥穗火姚氏《食物本草》
松柴火姚氏《食物本草》
櫟柴火姚氏《食物本草》
茅柴火姚氏《食物本草》
馬矢煴《醫林纂要探源》
荊柴火《醫林纂要探源》
火針《本草綱目》
神針火《本草綱目》
陽燧錠《本草綱目拾遺》
燈火《本草綱目》
神燈火《本草綱目拾遺》
燈花《本草拾遺》
燭燼《本草綱目》
《本草彙言》
石油火《本草綱目拾遺》
蝟油火、魚膏火《本草綱目拾遺》
燒酒火《本草綱目拾遺》
丹藥火《本草綱目拾遺》
蓬萊火《本草綱目拾遺》
火罐氣《本草綱目拾遺》
水部第六卷
水之一 天水類15種
雨水《本草拾遺》
潦水《本草綱目》
梅雨水《本草拾遺》
白雲《本草綱目拾遺》
露水《本草拾遺》
繁露水《本草拾遺》
甘露《本草拾遺》
明水《本草拾遺》
鼕霜《本草拾遺》
臘雪《嘉韋占本草》
雹《本草拾遺》
夏冰《本草拾遺》
半天河《別錄》
神水《本草綱目》
屋漏水《本草拾遺》
水之二 地水類41種
池沼水姚氏《食物本草》
流水《本草拾遺》
名水姚氏《食物本草》
……
土部第七卷
金石部第八卷
金石部第九卷

《本草綱目續編 二 火水土金石部》是“本草綱目研究集成”叢書之一，收載李時珍所未能得見及李時珍之後至1911年以前的中國傳統藥物學相關內容，且采用《本草綱目》（此下簡稱《綱目》）原體例予以編次，故名之為《本草綱目續編》。以《神農本草經》為起點，此後大約每隔四五百年，本草學就會有一次集大成式的整理。《綱目》成書至今又歷440餘年，《本草綱目續編 二 火水土金石部》嘗試再次對傳統本草文獻進行集大成式的整理，並仿《綱目》“分項說藥”體例，盡量與《綱目》無縫對接，使古代傳統藥學資料源遠流長。《本草綱目續編 二 火水土金石部》謂之“續編”，“續”的是《綱目》原有體例，“編”的卻是《綱目》所無內容。為適應現代需求，《本草綱目續編 二 火水土金石部》嚴格規範出處標注，且根據《綱目》之後的本草發展及當今時代特點，對藥物分類等內容做了若干修正。凡有異於李時珍之見者，用“[校正]”或者“編者按”的方式予以表達等