●目錄
叢書序
前言
第 1 章 緒論 1
1.1 軟物質的定義和特征 1
1.2 軟物質模型和模擬 2
1.3 增強抽樣和加速模擬 4
1.4 總結 6
第 2 章 熱力學與統計物理概要 7
2.1 宏觀體繫與微觀態繫綜 7
2.1.1 微正則繫綜 8
2.1.2 正則繫綜 9
2.1.3 繫綜等價性 10
2.2 模型繫統 11
2.2.1 理想氣體 11
2.2.2 真實氣體 13
2.2.3 標準溶液模型 14
第 3 章 第一性原理概要 15
3.1 第一性原理的出發點 16
3.2 Born-Oppenheimer 近似 16
3.3 密度泛函方法.18
3.4 DFT 算法在軟物質研究中的簡單應用 22
參考文獻 24
第 4 章 分子建模和模擬基礎. 25
4.1 分子建模 26
4.2 分子模擬基本概念 28
4.3 蒙特卡羅方法.31
4.4 分子動力學模擬 38
4.5 簡單的數據分析 42
4.6 分子模擬的基本技巧 46
參考文獻 48
第 5 章 基本的優化技術 51
5.1 尋找局部很優 52
5.2 尋找全局很優 54
5.3 尋找優化路徑 56
參考文獻 56
第 6 章 增強抽樣與加速模擬57
6.1 概述 57
6.1.1 重要性抽樣 59
6.1.2 增強抽樣方法概論 60
6.2 Wang-Landau 方法 64
6.2.1 基本原理 64
6.2.2 擴展應用 66
6.3 並行回火方法.66
6.3.1 基本原理 66
6.3.2 應用特征 67
6.4 Metadynamics 方法.67
6.4.1 基本原理 67
6.4.2 擴展應用 68
6.5 廣義正則繫綜模擬 68
6.5.1 基本原理 69
6.5.2 擴展應用 72
參考文獻 74
第 7 章 繫綜模擬及數據分析方法 81
7.1 繫綜模擬數據分析方法 81
7.1.1 加權直方圖分析法 82
7.1.2 馬爾可夫態模型法 83
7.2 重加權繫綜動力學算法 84
7.2.1 方法介紹 84
7.2.2 算法應用及討論 90
7.2.3 重加權非平衡繫綜動力學算法 95
7.2.4 小結 101
7.3 模擬數據分析方法 102
7.3.1 維數約化 102
7.3.2 聚類 105
7.4 軌跡映射算法 105
7.4.1 方法介紹 105
7.4.2 算法應用及討論 109
7.4.3 軌跡映射用於增強采樣 119
參考文獻 124
第 8 章 多尺度建模和模擬 129
8.1 粗粒化和多尺度模擬簡介 129
8.1.1 粗粒化建模與模擬 129
8.1.2 多尺度建模與模擬 131
8.2 自適應驅動的非平衡與多尺度模擬 134
8.2.1 自適應非平衡模擬 134
8.2.2 自適應驅動的多尺度模擬 139
8.3 展望 145
參考文獻 146
索引 149
後記 151
