王琦教授根據清·徐靈胎《蘭臺軌範》中提出的“主病主方主藥”構想,將主病主方的內涵界定為，一病多方中高度針對貫穿整個疾病始終的主導病機的方劑。如東漢時期張仲景論治百合病有百合地黃湯、百合知母湯、滑石代赭湯、栝蔞牡蠣散多方，其中高度針對百合病心肺陰虛內熱這一主導病機的主方便是百合地黃湯；明·孫志宏《簡明醫彀》一書在各種疾病後列有主方、成方及簡方。所列主方，多繫參酌古今文獻，結合個人經驗體會的自訂方，雖無方名,但立方縝密,遣藥靈變,或附加減用法,均能切中病機，著意於探索多種疾病的規範化治療，便於讀者參酌選用。如選用當歸、生地、白芍藥為三消主方，對於上消加人參、麥鼕、五味、天花粉水煎,入生藕、鮮地黃汁、人乳服，中消加石膏、知母、甘草、滑石、寒水石，下消加黃柏、知母、熟地、五味子之類。這種制方思路,在主病主方的發展源流中具有典型意義。王琦教授於臨床中創用黃精贊育膠囊治療男性不育，疏肝益陽膠囊治療陽痿等
