●緒論：歡迎來到尼迪亞王國
第1章Python入門：設置及使用Python
1.1在計算機上安裝Python
1.2為您的計算機下載Python的近期新版
1.3在macOS計算機上安裝Python
1.4在Linux計算機上安裝Python
1.5在Windows計算機上安裝Python
1.6使用IDLE的Python界面
1.7Python開發環境
1.8安裝Python套件管理程序pip
1.9獲取示例代碼
1.10參考資料和進一步閱讀
第2章實驗臺上的Python：Python語言基礎
2.1在Python中聲明變量
2.2用Python處理所有的數據類型
2.3第一個真正的Python代碼
2.4Python函數
2.5在Python中使用整數和小數
2.6條件語句
2.7參考資料和進一步閱讀
第3章理解序列：生物序列和Python的數據結構
3.1序列與字符串
3.2列表及其他
3.3方法與對像
3.4您的朋友——Python字典
3.5用Python實現DNA酶的內切功能
3.6參考資料和進一步閱讀
第4章統計插值：貝葉斯定理與生物標記物
4.1貝葉斯及其有名定理
4.2貝葉斯定理的應用：生物標記物的性能
4.3貝葉斯定理的數學解析
4.4用Python實現貝葉斯生物標記物函數
4.5用通用貝葉斯函數進行字符串格式化
4.6參考資料和進一步閱讀
第5章打開數據之門：讀取、解析和處理生物數據文件
5.1用Python打開文件
5.2更改變量類型
5.3出錯處理：Python的異常處理
5.4重新開始：解析FASTA文件
5.5參考資料和進一步閱讀
第6章生物序列的搜索：基因組和序列的正則表達式
6.1Python的正則表達式庫及導入
6.2用正則表達式識別基因啟動子
6.3MatchObject：第一個真實的Python對像
6.4Python用於真正的基因組學時太慢了嗎？
6.5參考資料和進一步閱讀
第7章對像課程：生物序列作為Python的對像
7.1為什麼要進行面向對像的編程？
7.2程序的組織——OOP
7.3生物序列處理的OOP實現
7.4命名空間和模塊
7.5類定義的結構
7.6類的繼承
7.7類變量、實例變量和其他作為變量的類
7.8有關繼承和覆蓋繼承方法的進一步討論
7.9參考資料和進一步閱讀
第8章基因組數據的切片和分塊：下一代測序流程
8.1下一代基因測序：從FASTA到FASTQ
8.2調用子流程
8.3pySam：用Python讀取比對文件
8.4測序讀段的可視化
8.5測序讀段的計數
8.6建立命令行工具
8.7最終流程：將所有內容放在一起
8.8下一步的工作
8.9參考資料和進一步閱讀
第9章孔板：微量滴定板分析I——數據結構
9.1機器人
9.296孔板簡介
9.3用Python類實現多孔板
9.4孔板的遍歷
9.5分配和檢索孔板的數據
9.6讀取和寫入CSV文件
9.7孔板中的數學
9.8參考資料和進一步閱讀
第10章孔板的進一步探討：微量滴定板分析Ⅱ——自動化和可視化
10.1孔板的物理映射
10.2在孔板上移動的編程
10.3用matplotlib可視化多孔板
10.4用matplotlib制作色圖
10.5matplotlib的繪圖命令
10.6不同孔板的布局
10.7參考資料和進一步閱讀
第11章分子的3D表示：結構生物學的數學和線性代數
11.1分子鍵的旋轉
11.2分子力學和分子動力學
11.3自己動手去體會程序的運行效率
11.4輸入3D數學矩陣
11.5分子繫統的Python表示
11.6用matplotlib進行3D可視化
11.7程序測試
11.8計算靜電相互作用
11.9參考資料和進一步閱讀
第12章打開和關閉基因：用matplotlib可視化生化動力學
12.1簡單的轉錄抑制：乳糖操縱子
12.2NumPy及From...Import簡介
12.3雙重交互阻遏物：更高效的抑制
12.4相同的濃度、更強的抑制：注釋圖
12.5參考資料和進一步閱讀
第13章梳理網絡偽信息：用Python集合挖掘繫統生物學數據
13.1用集合制作表格
13.2雙字典結構：網絡的數據結構
13.3列表推導式
13.4基因調控問題
13.5彙總：使用Python的__main__
13.6參考資料和進一步閱讀
第14章遺傳反饋循環：用Gillespie算法為基因網絡建模
14.1二聚體
14.2動態過程
14.3噪聲的引入
14.4實際的操作：撥動開關
14.5三合一：開啟基因
14.6所有蛋白質最終消亡
14.7生物化學的Python代碼
14.8記錄參與反應的分子
14.9生物分子的模擬
14.10隨機切換問題
14.11參考資料和進一步閱讀
第15章種植虛擬花園：用L繫統模擬植物生長
15.1增加繁殖率：算法生成規則
15.2用Python的Turtle圖形生長蕨類植物
15.3參考資料和進一步閱讀
第16章細胞自動機：圖靈模式的細胞自動機模型
16.1細胞自動機初始化
16.2創建更新規則
16.3生成細胞自動機塗層圖案
16.4形態生成的顯示
16.5參考資料和進一步閱讀
……

本書對Python的計算機編程進行了生動活潑、直觀易懂且引人入勝的入門介紹。這本書是專門為沒有或幾乎沒有編程經驗的生命科學家而寫的，其目的不僅是為他們提供Python編程的基礎，而且是讓他們有信心和能力開始在自己的研究中使用Python。本書的所有示例均來自廣泛的生命科學研究領域，包括生物信息學、結構生物學、發育生物學、進化生物學和生態學，從簡單的生化計算和序列分析到對細胞中基因和蛋白質的動態相互作用，或對不斷發展的種群中的基因漂移進行建模。書中可以找到如何使用Python進行實驗室計算自動化、搜索基因啟動子序列、旋轉分子鍵、構建細胞撥動開關、模擬動物皮毛形成的模式、生長虛擬植物、模擬流感流行或進化種群等實用的Python代碼寫成的完整的示例。本書適合於幾乎沒有編程經驗的生命科學家包括本科生和研究生、學術界和工業界的博士後研究人員、醫療專業人員及教師，可作為高年級本科生和研究生的教材，也可等