●第1章緒論
1.1生物芯片概述
1.2基因芯片簡介
1.2.1基因芯片的原理
1.2.2基因芯片的分類
1.2.3基因芯片的應用
1.3基因芯片數據差異表達基因檢測統計方法
1.3.1差異表達基因檢測概述
1.3.2傳統差異表達基因檢測方法
1.3.3其他相關的差異表達基因檢測方法
1.4變點問題的研究
1.5變點理論應用於差異表達基因檢測
1.6微陣列基因芯片數據的網絡資源介紹
1.7本書的研究內容
第2章差異表達基因檢測樣本子集過表達的統計方法
2.1生物學背景
2.2差異表達基因檢測統計方法介紹
2.2.1基於均值的差異表達基因檢測方法
2.2.2基於中值的差異表達基因檢測方法
2.2.3基於樣本表達值特定百分比的差異表達基因檢測方法
2.3實驗與分析
2.3.1ROC曲線比較
2.3.2FDR曲線比較
2.3.3算法分析
2.4討論
第3章TriORT差異表達基因檢測統計方法
3.1引言
3.2TriOTR方法
3.3實驗與分析
3.3.1仿真研究
3.3.2真實數據研究
3.4小結
第4章TriMOST差異表達基因檢測統計方法
4.1引言
4.2TriMOST方法
4.3實驗與分析
4.3.1仿真研究
4.3.2真實數據研究
4.4小結
第5章差異表達基因檢測統計方法在乳腺癌數據上的應用
5.1引言
5.2差異表達基因檢測方法
5.2.1已有方法介紹
5.2.2TriORT方法和TriMOST方法
5.3實驗與分析
5.3.1ROC曲線仿真實驗
5.3.2FDR曲線仿真實驗
5.3.3真實數據集實驗
5.3.4各方法找到的和乳腺癌相關的基因分析
5.4小結
第6章變點理論統計分析
6.1引言
6.2基於變點理論的統計方法
6.2.1變點
6.2.2檢測變點的常用方法
6.3變點理論的應用
6.3.1變點的統計推斷問題研究
6.3.2采用貝葉斯法檢測多個變點的基因表達譜數據
6.3.3癌癥差異表達基因檢測
6.4變點統計分析方法在差異表達基因檢測中的應用
6.5小結
第7章基於樣本子集的差異表達基因檢測方法比較
7.1引言
7.2差異表達基因檢測方法
7.2.1T統計方法
7.2.2相對正常組樣本的半T統計方法
7.2.3相對癌癥組樣本的半T統計方法
7.2.4增加參數的半T統計方法
7.3實驗和結果分析
7.3.1基因表達強度相同時，差異表達基因數目變化
7.3.2差異表達基因數目相同時，增加的基因表達強度變化
7.3.3基因表達強度相同，差異表達基因數目相同，基因數目不同
7.3.4基因表達強度相同，差異表達基因數目相同，基因數目相同時，樣本數目不同
7.4小結
第8章基於變點理論的差異表達基因檢測
8.1引言
8.2差異表達基因檢測的生物信息學基礎
8.3差異表達基因檢測方法
8.3.1T檢驗方法
8.3.2PPST置換百分比分離測試方法
8.3.3LRS基於似然率方法
8.3.4基於最小二乘法的變點差異表達基因檢測
8.4差異表達基因檢測方法性能評價
8.5乳腺癌公共數據庫數據研究分析
8.6小結
第9章總結與展望
9.1總結
9.2展望
參考文獻

基因芯片差異基因表達檢測技術的核心方法通常基於統計學原理，即利用統計學中的假設檢驗從基因表達譜中篩選出潛在的特異性基因。本書主要針對癌癥樣本組子集的差異基因表達檢測進行研究，討論比較常用的差異表達基因檢測統計方法，提出新的差異表達基因檢測統計方法，進行對比研究。

紀兆華 著 著