●序
前言
第一章 生物信息學簡介 1
1.1 生物信息學基礎 1
1.1.1 什麼是生物信息學 1
1.1.2 生物信息學的形成與發展 2
1.1.3 生物信息學的研究內容 4
1.2 生物信息學應用 6
1.2.1 生物信息學的熱點領域 6
1.2.2 信息技術與生物信息學 8
第二章 數據庫檢索 11
2.1 綜合性數據庫NCBI 11
2.1.1 NCBI簡介 11
2.1.2 NCBI數據庫介紹 12
2.1.3 Entrez簡介 14
2.1.4 Entrez檢索實例 15
2.2 綜合性數據庫EMBLＧEBI 19
2.2.1 EBI簡介 19
2.2.2 EBI數據庫簡介 20
2.2.3 SRS簡介 21
2.2.4 SRS檢索實例 22
2.2.5 BioMart簡介 23
2.2.6 BioMart檢索實例 23
2.3 UCSC基因組瀏覽器 27
2.3.1 UCSC基因組瀏覽器簡介 27
2.3.2 UCSC基因組瀏覽器檢索實例 28
第三章 引物設計及測序結果分析 30
3.1 引物設計 30
3.1.1 概述 30
3.1.2 常規PCR引物設計實例分析 36
3.1.3 簡並引物設計 53
3.2 測序結果分析 60
3.3 序列拼接實例分析 61
第四章 核酸序列分析 75
4.1 常規分析 75
4.1.1 核酸序列的檢索 75
4.1.2 核酸序列組分分析 75
4.1.3 序列變換 77
4.1.4 性酶切分析 78
4.2 比對分析 82
4.2.1 BLAST比對 82
4.2.2 雙序列比對 87
4.2.3 多序列比對 89
4.3 基因結構識別 93
4.3.1 ORF識別及其可靠性驗證 93
4.3.2 啟動子及轉錄因子結合位點分析 97
4.3.3 重復序列分析 99
4.3.4 CpGisland 101
4.3.5 3′UTR區 102
第五章 蛋白質序列分析 105
5.1 蛋白質序列的基本性質分析 105
5.1.1 理化性質分析 105
5.1.2 疏水性分析 107
5.1.3 跨膜區分析 110
5.1.4 信號肽預測 112
5.1.5 Coil區分析 116
5.1.6 亞細胞定位 118
5.2 結構域分析及motif搜索 120
5.2.1 結構域分析 120
5.2.2 motif搜索 123
5.3 空間結構預測 126
5.3.1 蛋白質二級結構預測 126
5.3.2 蛋白質三級結構預測 129
5.3.3 蛋白質結構預測方法評價 138
5.4 抗原表位預測分析 139
5.4.1 B淋巴細胞抗原表位預測分析 140
5.4.2 T淋巴細胞抗原表位預測分析 145
第六章 分子進化與繫統發育分析 149
6.1 進化的分子基礎 149
6.1.1 進化樹與分子繫統學 149
6.1.2 相似性與同源性 151
6.1.3 分子進化 151
6.2 繫統發育分析 151
6.2.1 DNA和氨基酸序列的進化演變 153
6.2.2 繫統發育樹的種類 153
6.2.3 用於繫統發育分析的分子標記選擇 154
6.2.4 常用的構樹方法及其甄選 156
6.2.5 繫統發育分析常用軟件 159
6.3 繫統發育分析的檢驗 165
6.3.1 繫統發育分析方法可靠性的評價 165
6.3.2 繫統樹的誤差分析及消除方法 166
6.4 繫統樹的評估 168
6.5 繫統發育分析實例 168
6.5.1 使用MEGA軟件重建NJ樹 172
6.5.2 使用PAUP軟件重建NJ樹 174
6.5.3 使用MEGA軟件重建MP樹 175
6.5.4 使用PAUP軟件重建MP樹 176
6.5.5 使用PAUP軟件重建ML樹 177
6.5.6 貝葉斯樹 177
第七章 RNA分析 181
7.1 RNA簡介 181
7.1.1 RNA的結構 182
7.1.2 RNA的功能 182
7.1.3 RNA研究進展與展望 184
7.2 RNA二級結構 184
7.2.1 RNA的二級結構概述 184
7.2.2 RNA二級結構的預測方法 186
7.2.3 RNA結構預測實例分析 188
7.3 高效siRNA的設計 191
7.3.1 RNAi的作用機制 192
7.3.2 siRNA的設計原則 193
7.3.3 影響RNAi的其他因素 193
7.3.4 siRNA的設計步驟 194
7.3.5 siRNA的合成 194
7.3.6 siRNA干涉效果的評判 195
7.3.7 siRNA相關數據庫介紹 195
7.3.8 siRNA設計實例分析 196
7.4 microRNA分析 198
7.4.1 microRNA作用機制概述 198
7.4.2 miRNA功能與研究方法 200
7.4.3 miRNA生物信息學分析 201
7.4.4 miRNA及其靶基因預測的實例分析 206
主要參考文獻及網址 211
附錄 218
附錄1 常用生物學數據庫 218
附錄2 各種主要的RNA二級結構預測軟件比較 219
附錄3 名詞解釋 221
彩圖
