了得網研究生_生物信息學應用教程(十二五高等)

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生物信息學是20世紀80年代末誕生的一門新興交叉學科。生物信息學的興起得益於人類基因組計劃及其他基因組計劃的實施和開展，在新藥開發和設計方面的廣泛應用更使其充滿生機與活力。孫清鵬等編著的《生物信息學應用教程》是高等院校生命科學類十二五規劃教材之一。本書共十章節，內容包括緒論、生物信息學相關的生物學基礎、生物信息學數據庫、數據庫查詢、序列比對與數據庫相似性搜索等。本書可為從事生物學及相關專業的教學、科研人員參考使用。

內容簡介

孫清鵬等編著的《生物信息學應用教程》分為緒論、生物信息學相關的生物學基礎、生物信息學數據庫、數據庫查詢、序列比對與數據庫相似性搜索、DNA序列分析、蛋白序列分析、生物信息學軟件及使用、文獻信息檢索、Endnotex4參考文獻管理軟件11部分。編者根據自己的教學實踐，以圖文並茂的方式介紹相關內容，以期達到使學生能夠了解和掌握一些較常用的生物信息資源和工具的目的。《生物信息學應用教程》是一本簡明且實用性較強的生物信息學教程，適合生物學相關的非生物信息專業的學生使用，也可為從事生物學及相關專業的教學、科研人員參考使用。

前言第1章 緒論 1.1 生物信息學的概念及研究對像 1.2 生物信息學的研究內容 1.3 生物信息學的應用 本章小結 思考題 推薦閱讀書目第2章 生物信息學相關的生物學基礎 2.1 核酸化學 2.1.1 概述 2.1.2 核酸的化學組成 2.1.3 核酸的分子結構 2.2 蛋白質化學 2.2.1 概述 2.2.2 蛋白質的化學組成 2.2.3 蛋白質的結構單位——氨基酸 2.2.4 蛋白質的結構 2.2.5 蛋白質的變性與復性 本章小結 思考題 推薦閱讀書目第3章 生物信息學數據庫 3.1 生物信息數據庫的發展簡史 3.2 核酸序列數據庫 3.2.1 GenBank數據庫 3.2.2 EMBL數據庫 3.2.3 DDBJ數據庫 3.3 蛋白質序列數據庫 3.3.1 PIR數據庫 3.3.2 UniProt數據庫 3.4 生物大分子結構數據庫 3.4.1 PDB 3.4.2 MMDB 3.4.3 SWISS MODEL 3.5 其他生物分子數據庫 3.5.1 dbSNP 3.5.2 NONCODE 3.5.3 miRBase 3.5.4 Eembl 3.5.5 UCSC Genome Browser 3.5.6 ExPASy 本章小結 思考題 推薦閱讀書目第4章 數據庫查詢 4.1 NCBI數據庫查詢繫統Entrez 4.1.1 NCBI簡介 4.1.2 NcBI數據庫 4.1.3 Entrez簡介 4.1.4 Entrez查詢 4.2 EBI數據庫查詢繫統SRS 4.2.1 EBI簡介 4.2.2 EBI數據庫 4.2.3 SRS簡介 4.2.4 SRS查詢 本章小結 思考題 推薦閱讀書目第5章 序列比對與數據庫相似性搜索 5.1 概述 5.1.1 序列比對的概念 5.1 2序列比對的主要用途 5.2 序列比對的打分繫統 5.2.1 替換矩陣 5.2.2 空位罰分 5.3 序列比對的算法 5.3.1 雙序列比對算法 5.3.2 多序列比對算法 5.4 雙序列比對及基本操作 5.4.1 雙序列比對簡介 5.4.2 雙序列比對工具 5.4.3 雙序列比對工具的使用 5.5 多序列比對及基本操作 5.5.1 多序列比對簡介 5.5.2 多序列比對工具 5.5.3 多序列比對工具——Clustal軟件的使用 5.6 數據庫相似性搜索——BLAsT 5.6.1 BLAST概述 5.6.2 BLAST搜索工具 5.6.3 BLAST搜索數據庫 5.6.4 BLAST搜索步驟 5.6.5 BLAST搜索實例分析 本章小結 思考題 推薦閱讀書目第6章 DNA序列分析 6.1 核酸序列組成成分分析 6.2 限制性內切酶酶切位點分析 6.3 重復序列分析 6.4 基因結構分析 6.4.1 開放閱讀框的識別 6.4.2 啟動子及轉錄因子結合位點分析 6.4.3 CPG島 6.4.4 轉錄終止位點分析 6.5 序列同源性分析 本章小結 思考題 推薦閱讀書目第7章 蛋白質序列分析 7.1 蛋白質一級結構分析 7.2 蛋白質二級結構分析 7.3 蛋白質三級結構分析 7.4 蛋白質功能預測 本章小結 思考題 推薦閱讀書目第8章 生物信息學軟件及其使用 8.1 引物設計軟件 8.2 綜合序列分析軟件 8.2.1 建立新序列 8.2.2 PCR引物設計 8.2.3 ORF分析 8.2.4 序列翻譯 8.2.5 限制性內切酶分析 8.2.6 序列比對分析 8.2.7 蛋白質基本組成分析 本章小結 思考題 推薦閱讀書目第9章 文獻信息檢索 9.1 學術搜索引擎 9.1.l Google Scholar 9.1.2 SCIRUS 9.2 文摘數據庫檢索 9.2.1 NCBI.PubMed 9.2.2 BIOSIS Previews 9.2.3 國際三大農業文摘數據庫 9.3 全文數據庫檢索 9.3.1 綜合類全文數據庫 9.3.2 期刊全文數據庫 9.3.3 維普期刊全文數據庫 9.3.4 學位論文全文數據庫 9.4 引文數據庫檢索 9.4.1 數據庫組成 9.4.2 檢索方式 9.4.3 文獻管理與分析功能 本章小結 思考題 推薦閱讀書目第10章 Endnote x4參考文獻管理軟件 lO.1.Endnote x4的主要功能 10.2 Endnote X4數據庫的建立 10.2.1 Endnote x4主程序簡介 10.2.2 文獻資料庫的建立 10.2.3 將文獻信息導入Endnote文獻庫 10.3 Endnote數據庫的管理 10.3.1 文獻庫顯示方式的更改 10.3.2 更改文獻排列順序 10.4 Endnote數據庫的應用 10.4.1 在Microsoft ward2003中使用Endnote編輯制作參考文獻 10.4.2 下載新增引用文獻格式 10.4.3 修改參考文獻引用格式 10.4.4 CNKl數據導入 本章小結 思考題 推薦閱讀書目參考文獻

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