章緒論   001 
節微生物發酵床畜禽養殖原理   002 
第二節發酵床微生物群落研究進展   002 
第三節細菌群落宏基因組研究進展   003 
第四節真菌群落宏基因組研究進展   011 

第二章發酵床微生物組研究方法   016 
節概述   017 
一、微生物宏基因組學   017 
二、微生物宏基因組數據分析   017 
三、微生物宏基因組分析方法   017 
第二節研究方法   018 
一、發酵床墊料樣本采集及墊料理化性質測定   018 
二、發酵床墊料的發酵程度等級劃分   018 
三、宏基因組高通量測序   018 
四、宏基因組測序數據質控   019 
五、分類聚類分析   019 
六、分類抽平處理   019 
七、核心微生物組分析   019 
八、物種分類和豐度分析   019 
九、樣本復雜度分析   020 
十、顯著性差異分析   020 
第三節發酵床微生物高通量測序與統計工作流程   021 
一、微生物組高通量測序   021 
二、短序列去雜   021 
第四節微生物發酵床細菌分類分析   022 
一、發酵床細菌分類提取   022
二、發酵床細菌分類比對   023 
三、發酵床細菌分類抽平處理   024 
四、發酵床細菌分類稀釋曲線   024 
五、發酵床細菌分類群落α-多樣性   024 
六、發酵床部分樣本微生物物種譜繫演化   025 
第五節微生物發酵床核心微生物組分析   028 
一、發酵床微生物組共有OTU數與覆蓋樣本數關繫   028 
二、微生物發酵床鼕季和春季共有和特有微生物組OTU數分析   029 
三、發酵床微生物組OTU豐度主成分分析   029 
四、發酵床微生物組OTU秩-多度曲線   029 
五、發酵床微生物組OTU物種累積曲線   030 
六、發酵床微生物組OTU數量分布   030 
七、發酵床微生物組OTU豐度柱狀圖分析   031 
八、發酵床鼕季和春季微生物組OTU豐度柱狀圖分析   031 
九、發酵床微生物組OTU物種熱圖分析   032 
十、發酵床微生物組OTU物種星圖分析   033 
第六節發酵床微生物組OTU α-多樣性種類復雜度分析   035 
一、發酵床單個樣本微生物組OTU種類復雜度分析   035 
二、發酵床鼕季和春季微生物組OTU箱線圖分析   035 
三、發酵床微生物組OTU α-多樣性指數秩和檢驗   036 
第七節發酵床微生物組OTU β-多樣性種類復雜度分析   037 
一、發酵床樣本間微生物組OTU UniFrac距離   037 
二、發酵床樣本間微生物組OTU UniFrac距離聚類分析   038 
三、發酵床樣本間微生物組OTU主坐標分析   038 
第八節發酵床微生物組OTU差異性分析   040 
一、發酵床微生物組OTU差異效應判別分析   040 
二、發酵床不同微生物組OTU差異分析   040 
三、發酵床屬微生物組OTU差異分析   042 
四、發酵床鼕季和春季微生物組OTU主成分分析   043 
第九節發酵床微生物組OTU種類冗餘分析   043 
一、梯度分析   043 
二、冗餘分析結果   043 
第十節討論   044 
一、我國畜禽糞便是農業面源污染的主要來源   044
二、微生物宏基因已廣泛地應用在微生物生態學的研究上   044 
三、養豬發酵床微生物宏基因組分析的一個重要問題   045 
四、發酵床微生物組OTU α-多樣性種類復雜度分析   045 

第三章養豬原位發酵床微生物組多樣性   046 
節概述   047 
一、養殖廢棄物處理方式   047 
二、微生物發酵床技術   048 
三、發酵床墊料微生物群落   053 
四、微生物發酵床中的芽胞杆菌   054 
五、本章的研究目的和意義   055 
第二節微生物發酵床細菌季節變化多樣性   055 
一、概述   055 
二、研究方法   056 
三、微生物發酵床夏鼕墊料的高通量測序   058 
四、微生物發酵床夏鼕季節墊料樣本與物種關繫   062 
五、討論   066 
第三節微生物發酵床不同發酵程度細菌多樣性   068 
一、概述   068 
二、研究方法   068 
三、發酵床墊料微生物宏基因組測定   069 
四、微生物發酵床不同發酵等級墊料樣本物種組成分析   071 
五、微生物發酵床不同發酵等級墊料樣本與物種關繫   074 
六、討論   078 
第四節微生物發酵床墊料不同深度細菌多樣性   080 
一、概述   080 
二、研究方法   081 
三、墊料微生物組分析   081 
四、微生物發酵床不同深度墊料樣本物種分析   082 
五、討論   088 
第五節微生物發酵床豬糞降解過程細菌多樣性   090 
一、概述   090 
二、研究方法   090
三、發酵床墊料的理化性質   092 
四、發酵床墊料的高通量測序/093 
五、微生物發酵床細菌群落多樣性/093 
六、討論/098 

第四章養豬飼料發酵床微生物組多樣性/100 
節飼料發酵床不同深度墊料細菌群落分化/101 
一、概述/101 
二、不同深度墊料細菌微生物結構/102 
三、不同深度墊料細菌門菌群分化/106 
四、不同深度墊料細菌綱菌群分化/109 
五、不同深度墊料細菌目菌群分化/114 
六、不同深度墊料細菌科菌群分化/122 
七、不同深度墊料細菌屬菌群分化/129 
八、不同深度墊料細菌種菌群分化/137 
九、討論/144 
第二節飼料發酵床細菌屬微生物組垂直分布特征/146 
一、概述/146 
二、細菌屬墊料垂直分布優勢菌群/146 
三、細菌屬墊料垂直分布生境相關性/149 
四、細菌屬墊料垂直分布生境多樣性/149 
五、細菌屬墊料垂直分布生境生態位寬度/149 
六、細菌優勢屬墊料垂直分布生境生態位重疊/150 
七、細菌屬墊料垂直分布亞群落分化/151 
八、討論/159 
第三節飼料發酵床芽胞杆菌垂直分布特征/161 
一、概述/161 
二、芽胞杆菌種類鋻定/161 
三、芽胞杆菌種群結構/165 
四、飼料發酵床生境相關性/168 
五、飼料發酵床生境生態位寬度與重疊/170 
六、芽胞杆菌種群飼料發酵床生境垂直分布生態學特征/172 
七、討論/184 
第四節飼料發酵床對豬重要細菌性病原的抑制作用/187 
一、概述   187 
二、主要豬細菌性病原的特性   188 
三、飼料發酵床豬細菌性病原菌檢測   190 
四、飼料發酵床檢出的豬細菌性病原種類分布動態   191 
五、飼料發酵床檢測出的豬病細菌屬分布動態   206 
六、討論   214 

第五章發酵床豬腸道與皮毛微生物組多樣性   220 
節不同養豬模式豬腸道微生物組異質性   221 
一、概述   221 
二、飼料發酵床與傳統養豬腸道微生物組比較   223 
三、飼料發酵床與傳統養殖豬腸道菌群生態學特性   315 
四、飼料發酵床與傳統養豬腸道病原菌組成結構   328 
五、討論   330 
第二節不同養豬模式豬皮毛菌群微生物組異質性   330 
一、概述   330 
二、飼料發酵床與傳統養殖豬皮毛微生物組比較   334 
三、飼料發酵床與傳統養殖豬皮毛菌群生態學特性比較   382 
四、飼料發酵床與傳統養殖豬皮毛病原菌組成結構   394 
五、討論   397 

第六章養牛原位發酵床微生物組多樣性   399 
節概述   400 
一、牛發酵床的制作與應用   400 
二、養牛發酵床墊料二次發酵回用技術   402 
三、養牛發酵床防病效果研究   403 
四、養牛發酵床微生物菌群研究   403 
五、發酵床對養牛污染治理的作用   404 
六、發酵床養牛生長性能比較   405 
第二節養牛原位發酵床細菌群落研究方法   406 
一、養牛發酵床墊料細菌多樣性的研究方法   406 
二、養牛發酵床不同牧場細菌微生物組異質性的研究方法   408
三、養牛發酵床墊料細菌微生物組垂直分布異質性的研究方法   410 
四、養牛發酵床墊料濕度對細菌微生物組影響的研究方法   412 
第三節不同牧場養牛發酵床細菌微生物組異質性   414 
一、養牛發酵床細菌門菌群異質性   414 
二、養牛發酵床細菌綱菌群異質性   423 
三、養牛發酵床細菌目菌群異質性   438 
四、養牛發酵床細菌科菌群異質性   452 
五、養牛發酵床細菌屬菌群異質性   471 
六、養牛發酵床細菌種菌群異質性   481 
七、討論   491 
第四節養牛發酵床細菌微生物組垂直分布異質性   492 
一、概述   492 
二、不同墊料深度細菌菌群統計   492 
三、不同墊料深度細菌菌群結構   492 
四、細菌屬垂直分布優勢種   495 
五、基於細菌屬垂直分布的墊料生境相關性   498 
六、基於細菌屬垂直分布的墊料生境多樣性   498 
七、基於細菌屬垂直分布的墊料生境生態位寬度   499 
八、基於細菌優勢屬垂直分布的墊料生境生態位重疊   500 
九、養牛發酵床垂直分布墊料生境細菌屬亞群落分化   501 
十、討論   510 
第五節養牛發酵床墊料芽胞杆菌垂直分布異質性   512 
一、概述   512 
二、芽胞杆菌種類鋻定   512 
三、芽胞杆菌種群結構   515 
四、基於芽胞杆菌的養牛發酵床墊料生境的相關性   515 
五、基於芽胞杆菌的養牛發酵床墊料生境的多樣性   516 
六、芽胞杆菌種群生態位寬度   516 
七、芽胞杆菌種群生態位重疊   518 
八、芽胞杆菌亞群落分化   520 
九、討論   522 
第六節養牛發酵床墊料濕度對細菌微生物組的影響   524 
一、概述   524 
二、不同濕度墊料細菌微生物組共有種類統計   525 
三、不同濕度墊料細菌菌群結構   525 
四、不同濕度墊料優勢細菌菌群   527
五、不同濕度細菌屬亞群落分布   533 
六、討論   546 

第七章養羊原位發酵床微生物組多樣性   547 
節概述   548 
一、養羊原位發酵床除臭技術   548 
二、養羊原位發酵床的技術優勢   548 
三、養羊異位發酵床技術進展   549 
第二節養羊原位發酵床細菌種群宏基因組檢測   550 
一、概述   550 
二、發酵床細菌數量   550 
第三節養羊原位發酵床墊料細菌門菌群異質性   550 
一、發酵床細菌門組成   550 
二、發酵床細菌門共有種類和獨有種類   552 
三、發酵床細菌門優勢菌群差異性   553 
四、發酵床細菌門菌群聚類分析   554 
第四節養羊原位發酵床墊料細菌綱菌群異質性   556 
一、發酵床細菌綱組成   556 
二、發酵床細菌綱共有種類和獨有種類   559 
三、發酵床墊料發酵細菌綱多樣性指數變化   559 
四、發酵床細菌綱優勢菌群差異性   560 
五、發酵床細菌綱菌群聚類分析   561 
第五節養羊原位發酵床墊料細菌目菌群異質性   564 
一、發酵床細菌目組成   564 
二、發酵床細菌目共有種類和獨有種類   569 
三、墊料發酵過程細菌目優勢菌群的變化   570 
四、發酵床細菌目優勢菌群差異性   571 
五、發酵床細菌目菌群聚類分析   574 
第六節養羊原位發酵床墊料細菌科菌群異質性   579 
一、發酵床細菌科組成   579 
二、發酵床細菌科共有種類和獨有種類   587 
三、墊料發酵過程細菌科優勢菌群的變化   587
四、發酵床細菌科優勢菌群差異性   589 
五、發酵床細菌科菌群聚類分析   596 
第七節養羊原位發酵床墊料細菌屬菌群異質性   604 
一、發酵床細菌屬組成   604 
二、發酵床細菌屬共有種類和獨有種類   622 
三、墊料發酵過程細菌屬優勢菌群的變化   622 
四、發酵床細菌屬優勢菌群差異性   624 
五、發酵床細菌屬菌群聚類分析   639 
第八節養羊原位發酵床墊料細菌種菌群異質性   647 
一、發酵床細菌種組成   647 
二、發酵床細菌種共有種類和獨有種類   653 
三、墊料發酵過程細菌種優勢菌群的變化   653 
四、發酵床細菌種優勢菌群差異性   659 
五、發酵床細菌種菌群聚類分析   661 

第八章異位發酵床微生物組多樣性   670 
節 異位發酵床微生物組研究   671 
一、樣本采集與數據分析   671 
二、微生物種類多樣性分析   679 
三、微生物種類稀釋曲線分析   680 
四、微生物種類熱圖分析   681 
五、微生物種類成分分析   690 
六、異位發酵床細菌豐度結構   717 
七、微生物種類韋恩圖分析   721 
第二節異位發酵床細菌群落多樣性   765 
一、細菌群落數量（read）分布多樣性   765 
二、細菌群落種類（OTU）分布多樣性   823 
三、細菌相對豐度分布多樣性   878 

參考文獻   929

章緒論   001 
節微生物發酵床畜禽養殖原理   002 
第二節發酵床微生物群落研究進展   002 
第三節細菌群落宏基因組研究進展   003 
第四節真菌群落宏基因組研究進展   011 

第二章發酵床微生物組研究方法   016 
節概述   017 
一、微生物宏基因組學   017 
二、微生物宏基因組數據分析   017 
三、微生物宏基因組分析方法   017 
第二節研究方法   018 
一、發酵床墊料樣本采集及墊料理化性質測定   018 
二、發酵床墊料的發酵程度等級劃分   018 
三、宏基因組高通量測序   018 
四、宏基因組測序數據質控   019 
五、分類聚類分析   019 
六、分類抽平處理   019 
七、核心微生物組分析   019 
八、物種分類和豐度分析   019 
九、樣本復雜度分析   020 
十、顯著性差異分析   020 
第三節發酵床微生物高通量測序與統計工作流程   021 
一、微生物組高通量測序   021 
二、短序列去雜   021 
第四節微生物發酵床細菌分類分析   022 
一、發酵床細菌分類提取   022
二、發酵床細菌分類比對   023 
三、發酵床細菌分類抽平處理   024 
四、發酵床細菌分類稀釋曲線   024 
五、發酵床細菌分類群落α-多樣性   024 
六、發酵床部分樣本微生物物種譜繫演化   025 
第五節微生物發酵床核心微生物組分析   028 
一、發酵床微生物組共有OTU數與覆蓋樣本數關繫   028 
二、微生物發酵床鼕季和春季共有和特有微生物組OTU數分析   029 
三、發酵床微生物組OTU豐度主成分分析   029 
四、發酵床微生物組OTU秩-多度曲線   029 
五、發酵床微生物組OTU物種累積曲線   030 
六、發酵床微生物組OTU數量分布   030 
七、發酵床微生物組OTU豐度柱狀圖分析   031 
八、發酵床鼕季和春季微生物組OTU豐度柱狀圖分析   031 
九、發酵床微生物組OTU物種熱圖分析   032 
十、發酵床微生物組OTU物種星圖分析   033 
第六節發酵床微生物組OTU α-多樣性種類復雜度分析   035 
一、發酵床單個樣本微生物組OTU種類復雜度分析   035 
二、發酵床鼕季和春季微生物組OTU箱線圖分析   035 
三、發酵床微生物組OTU α-多樣性指數秩和檢驗   036 
第七節發酵床微生物組OTU β-多樣性種類復雜度分析   037 
一、發酵床樣本間微生物組OTU UniFrac距離   037 
二、發酵床樣本間微生物組OTU UniFrac距離聚類分析   038 
三、發酵床樣本間微生物組OTU主坐標分析   038 
第八節發酵床微生物組OTU差異性分析   040 
一、發酵床微生物組OTU差異效應判別分析   040 
二、發酵床不同微生物組OTU差異分析   040 
三、發酵床屬微生物組OTU差異分析   042 
四、發酵床鼕季和春季微生物組OTU主成分分析   043 
第九節發酵床微生物組OTU種類冗餘分析   043 
一、梯度分析   043 
二、冗餘分析結果   043 
第十節討論   044 
一、我國畜禽糞便是農業面源污染的主要來源   044
二、微生物宏基因已廣泛地應用在微生物生態學的研究上   044 
三、養豬發酵床微生物宏基因組分析的一個重要問題   045 
四、發酵床微生物組OTU α-多樣性種類復雜度分析   045 

第三章養豬原位發酵床微生物組多樣性   046 
節概述   047 
一、養殖廢棄物處理方式   047 
二、微生物發酵床技術   048 
三、發酵床墊料微生物群落   053 
四、微生物發酵床中的芽胞杆菌   054 
五、本章的研究目的和意義   055 
第二節微生物發酵床細菌季節變化多樣性   055 
一、概述   055 
二、研究方法   056 
三、微生物發酵床夏鼕墊料的高通量測序   058 
四、微生物發酵床夏鼕季節墊料樣本與物種關繫   062 
五、討論   066 
第三節微生物發酵床不同發酵程度細菌多樣性   068 
一、概述   068 
二、研究方法   068 
三、發酵床墊料微生物宏基因組測定   069 
四、微生物發酵床不同發酵等級墊料樣本物種組成分析   071 
五、微生物發酵床不同發酵等級墊料樣本與物種關繫   074 
六、討論   078 
第四節微生物發酵床墊料不同深度細菌多樣性   080 
一、概述   080 
二、研究方法   081 
三、墊料微生物組分析   081 
四、微生物發酵床不同深度墊料樣本物種分析   082 
五、討論   088 
第五節微生物發酵床豬糞降解過程細菌多樣性   090 
一、概述   090 
二、研究方法   090
三、發酵床墊料的理化性質   092 
四、發酵床墊料的高通量測序/093 
五、微生物發酵床細菌群落多樣性/093 
六、討論/098 

第四章養豬飼料發酵床微生物組多樣性/100 
節飼料發酵床不同深度墊料細菌群落分化/101 
一、概述/101 
二、不同深度墊料細菌微生物結構/102 
三、不同深度墊料細菌門菌群分化/106 
四、不同深度墊料細菌綱菌群分化/109 
五、不同深度墊料細菌目菌群分化/114 
六、不同深度墊料細菌科菌群分化/122 
七、不同深度墊料細菌屬菌群分化/129 
八、不同深度墊料細菌種菌群分化/137 
九、討論/144 
第二節飼料發酵床細菌屬微生物組垂直分布特征/146 
一、概述/146 
二、細菌屬墊料垂直分布優勢菌群/146 
三、細菌屬墊料垂直分布生境相關性/149 
四、細菌屬墊料垂直分布生境多樣性/149 
五、細菌屬墊料垂直分布生境生態位寬度/149 
六、細菌優勢屬墊料垂直分布生境生態位重疊/150 
七、細菌屬墊料垂直分布亞群落分化/151 
八、討論/159 
第三節飼料發酵床芽胞杆菌垂直分布特征/161 
一、概述/161 
二、芽胞杆菌種類鋻定/161 
三、芽胞杆菌種群結構/165 
四、飼料發酵床生境相關性/168 
五、飼料發酵床生境生態位寬度與重疊/170 
六、芽胞杆菌種群飼料發酵床生境垂直分布生態學特征/172 
七、討論/184 
第四節飼料發酵床對豬重要細菌性病原的抑制作用/187 
一、概述   187 
二、主要豬細菌性病原的特性   188 
三、飼料發酵床豬細菌性病原菌檢測   190 
四、飼料發酵床檢出的豬細菌性病原種類分布動態   191 
五、飼料發酵床檢測出的豬病細菌屬分布動態   206 
六、討論   214 

第五章發酵床豬腸道與皮毛微生物組多樣性   220 
節不同養豬模式豬腸道微生物組異質性   221 
一、概述   221 
二、飼料發酵床與傳統養豬腸道微生物組比較   223 
三、飼料發酵床與傳統養殖豬腸道菌群生態學特性   315 
四、飼料發酵床與傳統養豬腸道病原菌組成結構   328 
五、討論   330 
第二節不同養豬模式豬皮毛菌群微生物組異質性   330 
一、概述   330 
二、飼料發酵床與傳統養殖豬皮毛微生物組比較   334 
三、飼料發酵床與傳統養殖豬皮毛菌群生態學特性比較   382 
四、飼料發酵床與傳統養殖豬皮毛病原菌組成結構   394 
五、討論   397 

第六章養牛原位發酵床微生物組多樣性   399 
節概述   400 
一、牛發酵床的制作與應用   400 
二、養牛發酵床墊料二次發酵回用技術   402 
三、養牛發酵床防病效果研究   403 
四、養牛發酵床微生物菌群研究   403 
五、發酵床對養牛污染治理的作用   404 
六、發酵床養牛生長性能比較   405 
第二節養牛原位發酵床細菌群落研究方法   406 
一、養牛發酵床墊料細菌多樣性的研究方法   406 
二、養牛發酵床不同牧場細菌微生物組異質性的研究方法   408
三、養牛發酵床墊料細菌微生物組垂直分布異質性的研究方法   410 
四、養牛發酵床墊料濕度對細菌微生物組影響的研究方法   412 
第三節不同牧場養牛發酵床細菌微生物組異質性   414 
一、養牛發酵床細菌門菌群異質性   414 
二、養牛發酵床細菌綱菌群異質性   423 
三、養牛發酵床細菌目菌群異質性   438 
四、養牛發酵床細菌科菌群異質性   452 
五、養牛發酵床細菌屬菌群異質性   471 
六、養牛發酵床細菌種菌群異質性   481 
七、討論   491 
第四節養牛發酵床細菌微生物組垂直分布異質性   492 
一、概述   492 
二、不同墊料深度細菌菌群統計   492 
三、不同墊料深度細菌菌群結構   492 
四、細菌屬垂直分布優勢種   495 
五、基於細菌屬垂直分布的墊料生境相關性   498 
六、基於細菌屬垂直分布的墊料生境多樣性   498 
七、基於細菌屬垂直分布的墊料生境生態位寬度   499 
八、基於細菌優勢屬垂直分布的墊料生境生態位重疊   500 
九、養牛發酵床垂直分布墊料生境細菌屬亞群落分化   501 
十、討論   510 
第五節養牛發酵床墊料芽胞杆菌垂直分布異質性   512 
一、概述   512 
二、芽胞杆菌種類鋻定   512 
三、芽胞杆菌種群結構   515 
四、基於芽胞杆菌的養牛發酵床墊料生境的相關性   515 
五、基於芽胞杆菌的養牛發酵床墊料生境的多樣性   516 
六、芽胞杆菌種群生態位寬度   516 
七、芽胞杆菌種群生態位重疊   518 
八、芽胞杆菌亞群落分化   520 
九、討論   522 
第六節養牛發酵床墊料濕度對細菌微生物組的影響   524 
一、概述   524 
二、不同濕度墊料細菌微生物組共有種類統計   525 
三、不同濕度墊料細菌菌群結構   525 
四、不同濕度墊料優勢細菌菌群   527
五、不同濕度細菌屬亞群落分布   533 
六、討論   546 

第七章養羊原位發酵床微生物組多樣性   547 
節概述   548 
一、養羊原位發酵床除臭技術   548 
二、養羊原位發酵床的技術優勢   548 
三、養羊異位發酵床技術進展   549 
第二節養羊原位發酵床細菌種群宏基因組檢測   550 
一、概述   550 
二、發酵床細菌數量   550 
第三節養羊原位發酵床墊料細菌門菌群異質性   550 
一、發酵床細菌門組成   550 
二、發酵床細菌門共有種類和獨有種類   552 
三、發酵床細菌門優勢菌群差異性   553 
四、發酵床細菌門菌群聚類分析   554 
第四節養羊原位發酵床墊料細菌綱菌群異質性   556 
一、發酵床細菌綱組成   556 
二、發酵床細菌綱共有種類和獨有種類   559 
三、發酵床墊料發酵細菌綱多樣性指數變化   559 
四、發酵床細菌綱優勢菌群差異性   560 
五、發酵床細菌綱菌群聚類分析   561 
第五節養羊原位發酵床墊料細菌目菌群異質性   564 
一、發酵床細菌目組成   564 
二、發酵床細菌目共有種類和獨有種類   569 
三、墊料發酵過程細菌目優勢菌群的變化   570 
四、發酵床細菌目優勢菌群差異性   571 
五、發酵床細菌目菌群聚類分析   574 
第六節養羊原位發酵床墊料細菌科菌群異質性   579 
一、發酵床細菌科組成   579 
二、發酵床細菌科共有種類和獨有種類   587 
三、墊料發酵過程細菌科優勢菌群的變化   587
四、發酵床細菌科優勢菌群差異性   589 
五、發酵床細菌科菌群聚類分析   596 
第七節養羊原位發酵床墊料細菌屬菌群異質性   604 
一、發酵床細菌屬組成   604 
二、發酵床細菌屬共有種類和獨有種類   622 
三、墊料發酵過程細菌屬優勢菌群的變化   622 
四、發酵床細菌屬優勢菌群差異性   624 
五、發酵床細菌屬菌群聚類分析   639 
第八節養羊原位發酵床墊料細菌種菌群異質性   647 
一、發酵床細菌種組成   647 
二、發酵床細菌種共有種類和獨有種類   653 
三、墊料發酵過程細菌種優勢菌群的變化   653 
四、發酵床細菌種優勢菌群差異性   659 
五、發酵床細菌種菌群聚類分析   661 

第八章異位發酵床微生物組多樣性   670 
節 異位發酵床微生物組研究   671 
一、樣本采集與數據分析   671 
二、微生物種類多樣性分析   679 
三、微生物種類稀釋曲線分析   680 
四、微生物種類熱圖分析   681 
五、微生物種類成分分析   690 
六、異位發酵床細菌豐度結構   717 
七、微生物種類韋恩圖分析   721 
第二節異位發酵床細菌群落多樣性   765 
一、細菌群落數量（read）分布多樣性   765 
二、細菌群落種類（OTU）分布多樣性   823 
三、細菌相對豐度分布多樣性   878 

參考文獻   929