《雲南微生物資源與名錄》根據文獻資料記載,對雲南分布的各類微生物資源進行了彙總,包括菌物、細菌和古菌、動物和植物病毒、噬菌體。隨著分類方法的改進和新分類概念的引入,微生物分類繫統經歷了多次變遷,極少部分種的分類地位出現了變動,但為了和原文獻保持一致,種名沒有更新,可根據文獻和相關網站確證現在種名。《雲南微生物資源與名錄》記錄了真核微生物真菌界、原生動物界、茸鞭生物界共7586種和亞種,原核生物界細菌域和古菌域1469種,植物和動物病毒共374種,噬菌體54種。盡量給每條名錄提供了拉丁名和對應中文名、基物及生境、文獻出處,可供從事相關領域的科研人員參考。