1 傳染病防控與精準醫學
1．1 人類對傳染病及其感染病原體的認識從模糊到精確
1．2 感染中的病原體確認
1．2．1 判斷感染病因
1．2．2 條件致病微生物帶來的困惑
1．2．3 在微生物組的環境下判斷病原體
1．2．4 病原體的診斷標志篩選
1．2．5 對病原體的認知進入基因組時代
1．3 傳染病暴發疫情需要精準的識別和控制
1．3．1 病原體分子分型和基因組分析——精準判別同種病原體中的不同株
1．3．2 自不同病例發現相同分子分型特征的病原體——提示可能存在暴發
1．3．3 精準的病例定義——增加病例一對照調查中危險因素識別的精準性
1．4 流行病學大數據分析發現傳播規律
1．4．1 傳染病信息進入大數據時代
1．4．2 傳染病發生和傳播數據的收集和分析
1．5 疫苗接種群體免疫中的個體化
1．6 小結
參考文獻

2 傳染病的分子診斷——提高診斷的精準性
2．1 多重病原體高通量核酸檢測技術
2．1．1 多重PCR技術
2．1．2 再測序芯片技術
2．2 下一代測序技術
2．2．1 短讀長的下一代測序
2．2．2 長讀長的下一代測序
2．2．3 下一代測序技術的應用
2．3 小結
參考文獻
……

3 病原體基因組學——對病原體的深入認識
4 病原體基因組流行病學——傳染病監測精準化
5 傳染病大數據——流行病學監測預警分析應用
6 疫苗免疫策略制定——精準醫學的實踐
7 傳染病防控中非藥物干預的優化和精準化
索引

精準醫學是通過利用組學和大數據分析技術，深入和精細認識疾病及導致患者個體發病的關聯因素，通過實施個性化治療，獲得更好療效的一門新興學科。與經典的醫學相比，主要突出以下特征：在既往醫學研究基礎上，整合利用基因組學、代謝組學、大數據收集與計算以及生物信息學等新技術，獲得對疾病的深刻認識；利用大樣本人群開展對某疾病過程的深入分析，從而精確尋找到疾病的原因和治療的靶點；個體和群體研究相互支持，通過個體及同質群體分析發現規律和個性化特征，挖掘個性化治療方法。在某種程度上，精準醫學體現為對待相同的病癥表現，實施不一樣的治療方案，獲得的治療效果。
精準醫學是隨著當前基因組測序技術的進步、病理檢測分析技術的提高以及生物信息與大數據科學的應用而發展起來的新型醫學研究和治療模式。它能夠對一種疾病的不同狀態和過程進行精確亞分類，對疾病和患者定制個性化的精準治療方案，從而取得更好的療效。
同樣地，對於傳染病，也存在著易感性、發病、治療的個體化問題。傳染病是由機體感染病原體引起的，其臨床表現是機體和病原體相互作用的結果。相同的病原體進入不同的個體，可引起從不定殖、無癥狀攜帶到不同疾病程度的各類表現。不同的病原體感染同一個個體，會引起相同或不同的病癥表現。對傳染病的治療，也會因不同的病原體、不同的個體采用不同的治療方案。比如，對於同一種抗生素有些人會產生變態反應，因此對於同種病原細菌的感染，不同患者使用的抗生素會有所不同。
隨著基因組測序、微生物各類組學和分析技術的創新應用，對於傳染病不同的發生因素，也有了比以往更深刻、翔實、精確的認識。在傳染病的感染病原體診斷方面，隨著基因組測序技術和生物信息學分析方法的不斷發展，對患者感染病原體的鋻定，已從過去限於已知的、種類有限的病原體檢測，迅速發展為無須預判、客觀獲得樣品內全部核酸序列並從中尋找病原體的階段，使得對患者感染病原體的識別和診斷準確性大大提高，並成為發現高變異和新發病原體的重要技術手段。通過多病原體篩查和深度測序等新技術的應用，能夠從不同感染者中發現更多種類的病原體，甚至是新病原體，提高病原體檢出率。
對於病原體本身，基於微生物基因組測序技術的廣泛應用人們已認識到，利用既往的微生物學分類方法，還不能對病原微生物進行精確的分類，還需要揭示其不同的生物學特征。比如，即便屬於同種血清型沙門菌的不同菌株，其基因組序列仍會有所不同且可以攜帶不同的耐藥基因而產生不同的耐藥性。
對於暴發的判別，也不僅僅是把同時期出現相同病癥的患者均納入暴發病例，即便他們感染了相同生物型別的病原體，而是需要從微生物基因組學上對這些感染的病原體進行精細的比對分類：感染了具有相同基因組學特征病原體的那些病例，纔可能是暴發相關病例，而不能僅僅依靠既往病原生物亞型水平的分類進行歸類判斷。
對於傳染病的群體接種預防，人們也已認識到接種後不同個體免疫反應的差異。其中，個體本身遺傳因素，甚至腸道微生物組成等，均可造成接種疫苗後免疫反應性的不同。個性化考慮不同接種者對於同種疫苗的反應程度，包括異常反應性以及產生保護性抗體的水平，能夠更為精準地提高群體接種免疫保護。
因此，當今微生物的各類組學、人體基因組學、感染免疫分析等生物技術發展和大數據計算等信息技術開發應用，提高了人類對傳染病認識、治療和預防的精準性。將精準醫學思維運用於傳染病的診斷，結合當前深度測序發現病原體、多種組學檢測分析技術的應用，能夠提高病原體的發現能力，尤其是發現罕見病原體、新病原體，加深對病原體微生物學和致病性的認識，提高傳染病診斷的客觀性，避免主觀誤判，實現早期、快速、準確診斷，實施個體化精準治療，發揮預防傳播擴散的能力。對於以預防為終目的的傳染病監測，利用微生物分子分型和基因組序列比對分析，能夠獲得疫情流行中更為深刻和確切的病原體變異規律，並且可利用基因組學技術實現更為精準的暴發病例定義、疫情發現、溯源和預警能力，尤其是可開展網絡化病原分子監測，產生病原體本身的序列大數據和網絡實驗室監測大數據，並將之應用於傳染病疫情的發現。另外，通過傳染病發生與傳播的環境、社會、媒介等相關因素的流行病學大數據收集、分析，揭示傳染病傳播的流行病學規律，提出更為準確的預警，能夠實現傳染病監測和暴發發現與溯源的精準化。在疫苗接種這一重要預防傳染病的措施方面，需要充分考慮接種者的個體特征和由此產生的針對相同疫苗的不同反應性因素，包括年齡、性別、遺傳等因素，還包括個體免疫狀況和免疫應答能力、共棲菌群對免疫應答的影響等。優化疫苗設計與個性化應用，提高個體和群體疫苗免疫水平，可提高預防效果。
隨著各類新一代組學分析與數據處理技術、流行病學相關大數據收集和計算技術的快速發展與水平提高，人類對傳染病病原體和人體本身及其相互作用、感染與發病過程、流行發生與擴散、預警與預防控制等方面的認知能力產生了質的飛躍，迅速形成了更為精確、清晰和深入的認識，推動傳染病的預防控制達到精準的水平。