經過十幾年的探索和實踐，器官繫統整合模塊課程體繫逐步完善。第二-五冊是基於課程整合後形成的10個課程模塊的PBL案例，模塊排列順序基本與學生學習順序相同。其中，大部分案例都是臨床常見病、多發病，但也有少量是罕見病，目的在於匹配課程模塊具體的學習目標，還可讓學生看到他們在教科書、考核中都不會遇到的疾病，以及這些罕見病患者和家庭的境遇。第六冊是學生版案例合集，設計這一冊的初衷是使讀者，不論是教師還是學生，都可以在課前撕下當天討論的一幕，而不會透露後面劇幕的劇情。首冊是PBL理念和教師培訓，將汕醫在主動學習實驗班建立初始如何為老師們引入全新的教學理念，如何一步步將老師們從新手培訓成能夠熟練將此理念貫穿教學全程的過程，一一用文字描述出來。
而《基於器官繫統的PBL案例叢書》所配套的視頻教程，則是將PBL理念、實施過程、評價方式精心表現出來，豐富了理念和實操的傳達維度。