《醫略存真》，共計l卷，。馬培之晚年召其子輩整理其醫案，著成此書。本書共35個條目，其中外科24條，內科11條，首條，列馬培之祖父馬省三有關外科方面的專論1 6則，繼則是作者對某些疾病的經驗論述34條。
《馬培之醫案》，不分卷。 因馬培之內外科兼擅長，而外科醫案已有專書，故其弟子將內科醫案單獨提出，彙編成冊。本書選擇有代表性的六家抄本，相互對勘，刪其同而存其異，選其理法方藥較全者，共得49個病種，588個醫案。
《馬培之外科醫案》，共計1卷，撰於光緒十九年(1893)。繫馬培之巾年時門人的彙錄抄本，對外科各證的記載尚不完全。全書收載醫案58例。每個醫案不僅有關於病情的詳細記述，而且有透徹的論述。
《馬評外科癥治全生集》，成書於光緒三十四年( 1908)。馬培之擅長外科，推崇王氏“全生派”。書中記錄了清·王維德的癰疽瘡毒總論、臨證醫案、諸藥治法、外科方劑及馬培之的批語。馬培之對此書並非盲目崇拜，而是批判性地加以吸收。
《紀恩錄》，屬醫史類著作，不分卷。該書絕大部分內容記載的是每天為慈禧診脈用藥的方案記錄，還有少數王公大臣求診的方案，故雖稱日記，其主體仍為一部醫案。
《青囊秘傳》，收載219方，僅隻《青囊秘傳》的十之一二。
《傷寒觀舌心法》，不分卷。此書是馬培之根據張誕先《傷寒舌鋻》、徐靈胎《舌鋻總論》充實發揮而成。全書分為傷寒舌像9類，每類首列總論為綱，各病種舌像為目，附有示意圖134幅，並逐條變成五字四句歌訣，以便習誦。馬培之自序稱其為觀舌心法序，因其內容屬於傷寒之苔舌辨證，故稱《傷寒觀舌心法》