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《中醫學秘裡求真》全文共分四篇，基礎醫學兩篇，臨床醫學兩篇，使中西醫從基礎醫學、臨床醫學進行全面結合，融為一體。
為什麼叫“秘裡求真”呢？秘者，神秘，秘密，秘藏，隱密，說明中醫學理論具有神秘性、玄奧莫測的特點，很難看出它的真實面目；求真即是從玄奧莫測的標像中分清其內組成成分與精神實質，使人一看便知其內成分與所指認識。如“心者，君主之官，神明出焉；腎者，作強之官，伎巧出焉”，便顯得非常神秘與名不副實，若想使它名副其實，便於理解，符合科學，就必須追根求源，找出形成根據與神秘原因，了解其中演繹過程，揭開掩蓋它的神秘面紗，便會石破天驚，露出它的真實面目，呈現在大家面前，觀察認識，鋻別界定，認清什麼是精華，什麼是糟粕，使之變得一目了然。明確性質，進而消除分歧，統一認識，真的東西也就從此求得了。
篇闡明治道學說、陰陽學說、循環五行學說各自產生的時代背景、社會狀況、形成與性質，從中明確治道學說與早期陰陽五行說結合的演繹過程，產生“以腦髓為藏陰陽治道制生理”，簡稱“藏像生理”，符合實證醫學知識。同時也明確了晚期類比樣陰陽五行說、天人感應神學目的論產生的“髒像理論”。隻因髒像理論在架構上與藏像生理格格不人，違背了人體生理自動控制繫統功能，脫離了自然科學的軌道，越走越遠。
藏像，髒像，一個精華，一個糟粕，給以下三篇秘裡求真奠定了理論基礎。所以，解決這一難題，必須在篇裡闡明分清精華、鋻別糟粕的可靠證據，它是中醫學基礎理論在秘裡求真中，求得真實知識的思想基礎與可行措施。
第二篇“秘裡求真”，以治道框架為基礎，以陰陽學說為指導思想，構成“頭者，精明之府”人體生理自動控制繫統功能，以此為準繩，整理歸納中醫各家精華思想，初步構建符合實證醫學知識的中醫生理學。再以中醫文選的形式，對中醫學精華體繫進行一次簡要的繫統論證，貫穿中醫學理、法、方、藥，組成一個能與實證醫學接軌的思想體繫。
並以腦髓陰陽兩精之氣動靜相召（興奮、抑制），和病機十九條的精神實質，構建出中醫病理學。中醫生理學、中醫病理學，為臨床醫學的譜寫鋪平了道路，從而建造中國獨有的與世界醫學接軌的新型中國醫學。
第三篇求真，生理是病理之本，病理是臨床醫療之本，在中西醫理論融通的基礎上，闡明人體各繫統器官生理機制、病理機制，為臨床醫療服務，從而消除了以往中醫學南轅北轍、出言含混的客觀局面。
治病必須諳藥，這是取得療效的關鍵。將同一效果、機理不同的藥物，篩選用於治療同一種病證，或改善某一癥狀，是謂“治則”。治則經過通權達變，確定治效的君臣佐使、主攻方向，臨證纔能獲得顯著效果。如肺炎發熱、憋氣、喘滿、咳嗽、吐膿痰帶血。
病因實邪，邪去則正復，清溫解毒為君藥，佐使有祛痰止嗽藥、涼血散血藥，三法組成以君藥為首的處方，稱之“湯頭”。湯頭在處方中，為“領頭之藥”，可帶群藥衝鋒陷陣，剿敵逐寇，截斷病理轉化鏈，以剎其癥情燎原莫制之勢，由惡性循環轉化為良性循環，是治效的關鍵。為下篇立方用藥、臨證變通打下牢固的理論基礎，成為立方之本，百治之宗。
第四篇秘裡求真，驗方百首，治療百種常見疾病。方方來自實踐，例例皆是自身經驗，實名，實姓，實地，實病，純為中藥治愈的總結。病情變化，處方加減變通，均為臨證時記錄，很多處方實屬“千方易得，一方難求”，對某些急性病可起挽救之力；對疑難病也積累了脫苦的寶貴經驗，同時也積累了花小錢治大病，不花錢也治病的寶貴經驗。可以講“一書在手，百病不愁”，如果設有中醫病房，可與西醫爭功，先從仿效變成自身經驗，對臨證參考，相信會取得顯著效果。
《中醫學秘裡求真》理、法、方、藥、性屬中西醫學融會貫通理論，文意膚淺，易學易懂，一目了然，切合實用。從此，言有所指，再無玄奧與含混之詞。它是拋磚引玉，修正中醫學，與實證醫學接軌初步的嘗試。它采用通行中醫學理論的科學體繫進行中西醫理論結合，同時也指出其內神學理論對中醫學的危害。為了修正大業，不可避免地衝擊著現行教材存在的神學部分，因此，有些出版社認為本書會影響教學導向，必須到中國中醫科學院評審。中國中醫科學院中醫基礎理論研究所認為這是參考書，不是教學書，可以出版。
筆者認為本書可以使我們了解中醫學理論是由幾個性質不同部分的學說組成的，彼此間有者符合醫學科學，有者則是神學理論；有者相成相因，有者因架構不同則水火不容。
這就是中醫學髒器與功能不符與實證醫學不能結合的原因。了解與明確這些問題，同學們即可圓滿地理直氣壯地回答西醫人員提出的用通行中醫學沒法解答的問題，並令其心悅誠服，解除誤會，消除分歧；同時更能消除閱讀解剖生理學與通行中醫學彼此抵觸的誤區。
了解原因後，即顯示出祖國醫學博大精深，雖有小錯，但可自糾。
通過自糾，可提高我們辨證思想與醫療水平，提高治愈率。本書為西醫學習中醫提供捷徑，也是中醫學習西醫的思想基礎與理論基礎，是臨床中醫師，是生員畢業在臨證時提高療效，迅速取得一方威信的難得的參考書籍。
應該提出的是，本書雖有理據，嚴守科學規範，不過暫時隻是一家之言，故在授課、考試、晉升方面，應以課本知識為準。
