《中國藥用植物志》編寫的定位是介紹中國藥用植物資源和準確鋻定藥用植物的種類（亞種、變種和變型）的工具書，同時反映各種藥用植物的現代化學、藥理和藥材等方面的研究成果和資料，因此編寫項目的設定和要求、給出的圖像和圖版、引證的文獻均符合上述目的。
《中國藥用植物志（第六卷）（國家出版基金項目一）》收載有文獻記載的中國藥用植物12000餘種（包括種下分類群），分13卷出版，其中前12卷為正篇，每卷收載1000種左右，每卷後附有該卷收錄的藥用植物中文名與拉丁名索引；第13卷附篇名為《中國藥用植物志詞彙》，彙編了本志收錄的藥用植物相關學科的專業詞彙，兼作綜合索引，內容包括全書收載的藥用植物中文名稱索引、拉丁名稱索引、英文名稱索引、中拉英名稱互譯、化學成分的中英文名稱互譯及其原植物來源等，使其既可作為閱讀藥用植物的科技文獻工具書使用，又可方便查到正篇中詞彙的出處。
《中國藥用植物志（第六卷）（國家出版基金項目一）》收載的種類主要為高等植物，亦收集了重要的藥用藻類、真菌與地衣。高等植物科的順序排列：苔蘚類采用陳邦傑（1972）的順序，蕨類植物采用秦仁昌分類繫統（1978），裸子植物采用鄭萬鈞分類繫統（1978，），被子植物采用恩格勒分類繫統（1964）（個別科有調整）。低等植物中藥用種類較少，依照《中國中藥資源志要》（1994）順序排列，科特征和屬、種檢索表從略。
高等植物每個科下為總論，主要包括三部分內容。分介紹科的簡要特征，其中還包括本科植物世界分布的屬和種的數目、在我國分布的屬和種的數目以及在國內分布的藥用屬和種的數目；第二部分概括性敘述該科特征性化學成分和主要活性成分及其作用；第三部分為國內本科具有藥用種類的屬的分屬檢索表。
對每個屬，簡要記述屬的形態特征，綜述屬的特征性化學成分和活性成分（或部位），重要的結構類型給出化學結構式，同時扼要地介紹本屬植物相同或近似的藥理作用。屬的記述後給出該屬藥用植物分種檢索表。