鮑勃伍德沃德在《奧巴馬的戰爭》中透露,奧巴馬的國家安全團隊嚴重分裂,對阿富汗政策爭執不下,甚至展開內部鬥爭。奧巴馬去年重新評估阿富汗戰略時與軍方將領產生矛盾,軍方希望增兵至少4萬人,而副總統拜登等人則堅持增兵人數不得超過2萬人並應盡快撤軍。2009年12月,奧巴馬終於公布了阿富汗新戰略,宣布向阿富汗增兵三萬,並計劃在2011年7月開始撤軍,次為這場已經打了八年的戰爭設定了時間表。該書稱,制定這一戰略的核心人物是奧巴馬本人和參謀長聯席會議副主席卡特萊特,被奧巴馬團隊和軍方看做是折中各方意見的方案。該書還透露,對於這一戰略,白宮主要顧問和美國的阿富汗和巴基斯坦問題特使霍爾布魯克認為“不會奏效”。
此外,《奧巴馬的戰爭》一書還披露了關於阿富汗戰爭的一些情報。比如,美國情報部門認為巴基斯坦是個不誠實的伙伴,不願意、也沒有能力阻止巴基斯坦情報部門的某些機構向阿富汗塔利班提供武器、資金等秘密援助。因此,奧巴馬作出結論認為,如果不打擊藏匿在巴基斯坦偏遠部落的阿富汗塔利班和基地組織成員,阿富汗戰爭無法取得勝利。奧巴馬2009年12月25日在橢圓形辦公室的一次會議上稱,“我們需要讓人們了解,(阿富汗戰爭)的癌癥在巴基斯坦。”書中還稱,美軍有情報顯示阿富汗總統卡爾扎伊被診斷為狂躁抑郁癥,其情緒波動對奧巴馬政府而言是個挑戰。
伍德沃德在書中披露了奧巴馬、白宮團隊和軍方之間的嚴重分歧,甚至到了互相謾罵的地步。書中稱奧巴馬和軍方步調不一,與參謀長聯席會議主席馬倫、美軍新任駐阿富汗指揮官彼得雷烏斯等意見相左。彼得雷烏斯曾對助手說,一群“錯誤的家伙”把奧巴馬政府搞得一團糟。副總統拜登和白宮主要顧問和美國的阿富汗和巴基斯坦問題特使霍爾布魯克也是矛盾重重,拜登曾罵霍爾布魯克雖然“可能是*這份工作的人”,但卻是“我見過自私狂妄的混蛋”。此外,許多官員看不起國家安全顧問瓊斯,而瓊斯則稱奧巴馬團隊的核心成員,包括白宮辦公廳主任伊曼紐爾、高級顧問艾克賽爾羅德、白宮發言人吉布斯等人為“一群蟑螂”或“黑手黨”。而國防部長蓋茨則擔心瓊斯被副手替換,稱如果那樣的話對於國家安全顧問一職來說是個“災難”。