《秘密花園》的小主人公出生於印度,名叫瑪麗,是個相貌平庸、脾氣倔強、人見人厭的小姑娘,她對什麼都不感興趣,看不順眼。一場瘟疫奪去她雙親的生命,成了孤兒的瑪麗被送回了英國,來到了英格蘭約克郡米塞爾斯威特莊園,由姑父克拉文先生收養。十幾年前,年輕美麗的姑媽在生下兒子柯林後不久,在一個花園裡意外身亡,姑父克拉文悲痛欲絕,自此封閉了花園,不讓任何人進去。消沉的克拉文先生不願意見到與亡妻相貌相似的兒子,於是終日在外浪遊。然而好奇的瑪麗卻在偶然間進入了那個被封閉了十年的秘密花園,並深深為其所吸引。這一秘密將瑪麗和柯林緊緊維繫在了一起,同時也讓他們的命運悄然發生了巨大變化……