故事的主人公吉姆,是一個十歲大的小男孩,吉姆的父母在黑山海灣旁經營一家旅館名為「本鮑上將」。有一天,旅館來了一位臉上帶著刀疤、身材高大結實、非常引人注目的客人,原來他就是比爾船長。
吉姆非常喜歡聽比爾船長講故事,那些聽起來挺嚇人的經歷,像是罪犯被處以絞刑、海盜雙手被綁而且蒙眼走跳板、突如其來的海上大風暴、遍地骨骸的西班牙海盜巢穴等,每次都讓吉姆又愛又怕,也讓寧靜的小鎮增添了不少新鮮刺激的話題。
沒多久,比爾船長因為飲酒過量加上受到驚嚇而死在旅館中,吉姆無意間發現比爾身上帶著的一張藏寶圖,那是海盜普林特船長所遺留下的,於是吉姆和一群人的金銀島尋寶的故事就此展開。
心懷不軌的海盜們喬裝成一般的水手,當中還包括陰森詭譎的獨腳水手西爾弗。大伙兒假裝跟著吉姆和利弗希醫生一起去尋寶,航海的過程中,充滿了千辛萬苦和千奇百怪的事。不僅發生了足以讓人喪命的瘧疾病亂,還曾經發生海盜們群體叛亂的恐怖事件。