《蘇州通史》參照中國傳統史書編撰體例，借鋻國家清史纂修工程的《清史》主體設計，《蘇州通史》主體部分為導論以及從先秦至中華人民共和國時期的歷史（分為若干階段的斷代史），另設人物、志表、圖錄等三部分。人物、志表、圖錄中的內容是對通史部分相關內容的補白與補強。
《蘇州通史》共分16卷。第1卷為導論卷，第2卷為先秦卷，第3卷為秦漢至隋唐卷，第4卷為卷，第5卷為明代卷，第6卷為清代卷，第7卷為中華民國卷，第8卷為中華人民共和國卷（1949～1978），第9卷為中華人民共和國卷（1978—2000）；第10卷為人物卷（上），第11卷為人物卷（中），第12卷為人物卷（下），第13卷為志表卷（上），第14卷為志表卷（下），第15卷為圖錄卷（上），第16卷為圖錄卷（下）。
各卷采用縱橫結合的結構，根據本卷所跨時段的政治經濟發展狀況，劃分若干客觀發展階段為若干章，主要寫政治、軍事、經濟狀況；另設社會一章，主要寫整個時段蘇州人口家族、宗教信仰、民風節俗等；另設文化一章，主要寫科學技術、教育、文化藝術等。
《蘇州通史（明代卷）》為明代卷。一章，洪武時期蘇州社會恢復性發展；第二章，建文到弘治時期蘇州社會持續性發展；第三章，正德到崇禎時期蘇州社會轉型性發展等。