此後聲名遠播，開始弘通大乘。東魏武定六年（548），三十四歲的慧思開始於兗州講授禪法。為惡比丘所毒，垂死復活。齊武平初，領徒南播，止光州大蘇山。其地處陳、齊邊境，兵刃所衝，佛法雲崩，五眾離潰。其中英挺者皆輕其生、重其法，忽夕死、慶朝聞，相從跨險而到者，填聚山林。慧思供以事資，誨以理昧。天臺宗實際創宗祖師智顗大師，就是在這時期不避戰亂遠來從學的。是時多有眾惡論師，生嫉妒心， 競來惱亂。慧思於彼起大悲心，即發誓願，誓造金字《般若經》，現無量身於十方國講說是經，令一切諸惡論師咸得信心，住不退轉。北齊天保九年（558），於南光州齊光寺造成金字《大品般若》及《法華》二部， 復自述願文一篇，大發眾心。
史傳記載，慧思童時曾夢梵僧勸令入道，見朋類讀《法華經》，樂法情深。得借本於空塚獨觀，無人教授，日夜悲泣。又夢見普賢乘白像王摩頂而去，昔未識之文，今自然解。年十五，出家受具，謝絕人事， 專誦《法華》。日*食，不受別請。年二十，因讀《妙勝定經》，開始遍親禪德，常於林野間經行修禪。時北齊慧文禪師聚徒數百，專業大乘， 獨步河淮，學者傾心。慧思乃往歸依，咨受口訣，授以觀心之法。晝則驅馳僧事，夜則坐禪達旦。夏竟受歲，慨無所獲，自傷昏沉，生為空過， 深懷慚愧。將放身倚壁，背未至間，豁然大悟法華三昧。遂融《蓮經》之旨， 所未聞經，不疑自解。
此後聲名遠播，開始弘通大乘。東魏武定六年（548），三十四歲的慧思開始於兗州講授禪法。為惡比丘所毒，垂死復活。齊武平初，領徒南播，止光州大蘇山。其地處陳、齊邊境，兵刃所衝，佛法雲崩，五眾離潰。其中英挺者皆輕其生、重其法，忽夕死、慶朝聞，相從跨險而到者，填聚山林。慧思供以事資，誨以理昧。天臺宗實際創宗祖師智顗大師，就是在這時期不避戰亂遠來從學的。是時多有眾惡論師，生嫉妒心， 競來惱亂。慧思於彼起大悲心，即發誓願，誓造金字《般若經》，現無量身於十方國講說是經，令一切諸惡論師咸得信心，住不退轉。北齊天保九年（558），於南光州齊光寺造成金字《大品般若》及《法華》二部， 復自述願文一篇，大發眾心。
在光州遊化歷時十四年，是時齊祚將傾，佛法暫晦，慧思遂領眾南遷。陳光大二年（568），命上首弟子智顗赴金陵傳弘禪法，自帶徒眾四十餘人前往湖南，入住南嶽。陳地信眾望風歸附年（569），陳宣帝迎之金陵，住棲玄寺，講《大品經》，舉朝道俗傾心歸仰，尊為大禪師， 思大之名蓋得於此。復歸山中，說法如故。因感南方佛教重視義門，輕視禪法，遂晝談義理，夜便思擇，倡定慧雙修。陳太建九年（577）卒於南嶽，壽六十三。
南嶽慧思在佛教史上的地位，主要是基於對天臺宗創立的直接影響。天臺宗淵於北齊、南陳，創立於隋代，鼎盛於唐代，是*早形成的具有中土特色的佛教流派，具有完整的教義和行持體繫，得到當時朝野的大力支持和信奉，對後世影響甚巨。北齊慧文悟龍樹菩薩《中論》四句偈義， 提出一心三觀之觀行方法，開啟天臺教義之源，遂被奉為臺宗二祖。慧思承慧文觀行之緒，結合自己到從《法華經》上體悟到的圓頓法門，建立《法華》“十如”實相之說，倡導“法華安樂行”的實踐行法，用來修習法華三昧，為智顗大師實際創立天臺宗，建立了思行基礎。《續高僧傳》記載，慧思曾命智顗代講《大品經》，至“一心具萬行”處，忽有所疑。師曰：“如汝疑者，乃《大品》次第意耳，未是《法華》圓頓旨也。吾昔於夏中苦節思此，一念頓證，諸法現前。吾既身證，不必有疑。” 臺宗五祖章安尊者雲：“天臺傳南嶽三種止觀：一漸次，二不定，三圓頓， 皆是大乘，俱緣實相，同名止觀。”對此，臺宗史書《佛祖統紀》贊曰： “南嶽以所承北齊一心三觀之道傳之天臺，其為功業盛大，無以尚矣！”
晚年南嶽時期，慧思思想又有所發展。其時被稱為大乘佛法總綱的馬鳴菩薩《大乘起信論》譯出，慧思融攝其一法界心、真如緣起、體相用三大等如來藏思想及其止觀雙運的實修軌範，結合自己多年的禪修體悟，著《大乘止觀法門》，為圓三止觀之總綱，深受宋、明以來臺宗學者的重視，被譽為南嶽心法。
慧思特別注重修行實踐，曾躬行方等三昧七載，理洞其微，位淨六根。章安尊者曾贊曰：“名高嵩嶺，行深伊洛，十年常誦，七載方等，九旬常坐，一時圓證（《天臺智者大師別傳》）。”慧思平昔御寒，惟一艾衲，繒纊之屬一切不受，世贊其慈行可風。門下高足頗多，除著名的天臺智顗外，其次有新羅人玄光及大善。其他如南嶽僧照、枝江慧成、江陵慧威等，都著名於一時。玄光將南嶽思想傳入新羅，為以後臺宗教義流行於朝鮮半島的先驅。
慧思著作現存有《南嶽思大禪師立誓願文》一卷、《隨自意三昧》一卷、《法華經安樂行義》一卷、《諸法無諍三昧法門》二卷、《大乘止觀法門》四卷、《受菩薩戒儀》一卷等六種，另有《釋論玄》《次第禪要》《三智觀門》《四十二字門》等數種久已亡佚。
《南嶽立誓願文》為北齊天保九年在南光州造金字《摩訶般若經》時所發之願文。初述今生以來處處弘宣般若所逢留難，因發大悲，造此金經。通篇願文洋溢著不懈追求宇宙人生真諦、救度苦難眾生的大乘菩薩道精神。《隨自意三昧》凡有六品，明行、住、坐、臥、食、語六威儀中止觀法門，一一具足六波羅密。所述皆依《中論》宗旨，一心具足空假中三觀明義，乃南嶽大師自受用之三昧。道宣《續高僧傳》中尚存此書名。中土久亡，日本《續藏經》中幸得保存，唯錯簡頗多。民國釋印光詳加校訂，制序流通。《無諍行門》初贊禪定功德，總明欲學一切佛法，先持淨戒，勤禪定，乃能得之，無量佛法功德，一切皆從禪生。後具明四念處各各具足一切佛法，洵可為菩提道之鴻漸。《安樂行義》釋《法華經》暨《安樂行品》之大義。思大師教人修習法華三昧，恆以安樂行為方便，故特詳解之。智者大師之《法華玄義》《法華文句》世所宗仰，而其幽奧實啟於斯篇。《佛祖統記》稱，南嶽著《安樂行義》， 久亡其本。四明行皎遊方至南嶽，得之古藏，後始流布於世。《大乘止觀》為臺宗要籍，《續高僧傳》本傳中即不載此書之名，是初唐已不傳。宋咸平中，日本僧寂照攜來，重歸中土。此書乃思師以大慈悲心，披示自行法門，誠可謂定門之摩尼，行者之甘露。《受菩薩戒儀》悉依《梵綱經》， *為得授戒之妙義而有為他家所未嘗及者。中土久亡，幸於日本《續藏經》中得以保存。
