一、將科學現像置於西方文明的大背景中，從思想史和觀念史角度切入，探討人、神和自然的關繫變遷背後折射出的世界觀轉變以及現代世界觀的形成，著力揭示科學所植根的哲學、宗教及文化等思想淵源。
二、注重科學與人類意義和道德價值的關繫。在現代以前，對人生意義和價值的思考很少脫離對宇宙本性的理解，但後來科學領域與道德、宗教領域逐漸分離。研究這種分離過程如何發生，必將啟發對當代各種問題的思考。
三、注重對科學技術和現代工業文明的反思和批判。在西方歷史上，科學技術絕非隻受到贊美和弘揚，對其弊端的認識和警惕其實一直貫穿西方思想發展進程始終。中國對這一深厚的批判傳統仍不甚了解，它對當代中國的意義也毋庸諱言。
在整個20世紀於西學傳播厥功至偉的商務印書館決定推出《科學史譯叢》，繼續深化這場雖已持續數百年但還遠未結束的西學東漸運動。西方科學史著作汗牛充棟，限於編者對科學史價值的理解，《科學史譯叢》的著作遴選會側重於以下幾個方面：
一、將科學現像置於西方文明的大背景中，從思想史和觀念史角度切入，探討人、神和自然的關繫變遷背後折射出的世界觀轉變以及現代世界觀的形成，著力揭示科學所植根的哲學、宗教及文化等思想淵源。
二、注重科學與人類意義和道德價值的關繫。在現代以前，對人生意義和價值的思考很少脫離對宇宙本性的理解，但後來科學領域與道德、宗教領域逐漸分離。研究這種分離過程如何發生，必將啟發對當代各種問題的思考。
三、注重對科學技術和現代工業文明的反思和批判。在西方歷史上，科學技術絕非隻受到贊美和弘揚，對其弊端的認識和警惕其實一直貫穿西方思想發展進程始終。中國對這一深厚的批判傳統仍不甚了解，它對當代中國的意義也毋庸諱言。
四、注重西方神秘學（esotericism）傳統。這個魚龍混雜的領域類似於中國的術數或玄學，包含魔法、巫術、煉金術、占星學、靈知主義、赫爾墨斯主義及其他許多內容，中國人對它十分陌生。事實上，神秘學傳統可謂西方思想文化中足以與“理性”、“信仰”三足鼎立的重要傳統，與科學尤其是技術傳統有密切的關繫。不了解神秘學傳統，我們對西方科學、技術、宗教、文學、藝術等的理解就無法真正深入。
五、借西方科學史研究來促進對中國文化的理解和反思。從某種角度來說，中國的科學“思想史”研究纔剛剛開始，中國“科”、“技”背後的“術”、“道”層面值得深究。在什麼意義上能在中國語境下談論和使用“科學”、“技術”、“宗教”、“自然”等一繫列來自西方的概念，都是亟待界定和深思的論題。隻有本著“求異存同”而非“求同存異”的精神來比較中西方的科技與文明，纔能更好地認識中西方各自的特質。
